微波干燥殺菌機是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸[RNA]和脫氧核糖核酸[DNA]，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。
微波殺菌的特點：
1、時間短、速度快
常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，過到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。
2、低溫殺菌保持營養成分和傳統風味
微波殺菌是通過特殊熱和非熱的效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的是46％-50％，而微波處理是60％-90％；常規加熱豬肝保持率為58％，而微波加熱為84％。
3、節約能源
常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用，因而沒有額外的熱能耗損。相比而言，一般可節電30％-50％。
4、均勻
常規熱力殺菌是從物料表面開始，然而通過熱傳導至內部，存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間。
往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波肯有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部同時受到作用，所以消毒殺菌均勻。
5、便于控制
微波干操殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率可調，傳輸速度從零開始連續可調，便于操作。
6、設備簡單，工藝
與常規方法相比，微波設備不需要鍋爐、復雜的管道系統，煤場和運輸車輛，只要具備水，電基本條件即可。
7、善勞動條件，節省占地面積
設備的工作環境低、噪音小，極大地改善了勞動條件，整套微波設備的操作只需2-3人。
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