微波殺菌存在問題：
（一）微波加熱不均勻
1.微波加熱不均勻的原因：
（1）微波加熱具有選擇性，即使在相同的微波場中，不同的食品材料都存在溫升的差異；
（2）微波具有良好的穿透性，在實際加熱中受反射、穿透、折射、吸收等影響，即使對同一食品材料各部分產生的熱能可能存在較大的差異；
（3）電場的尖角集中性，有的也稱菱角效應，微波作為電波的一種，其電場有尖角集中性，這是造成食品微波加熱不均勻的主要原因。電場會向有角的地方集中，這些部分就產熱多，升溫快。為了克服菱角效應和熱點的不良影響，人們在容器上作了許多改進，例如盡量使用大小合適的圓角容器，環狀容器，對有尖角的食品進行整形處理。為了克服微波加熱的局限性，把微波與遠紅外等加熱方法組合在一起的設備，成了微波爐開發的新趨勢。
（二）微波對人體的影響
從微波的作用原理看，人體也會吸收微波，因此微波的輻射也會對人體產生一定的危害。通常人體受到輻射時，總是皮膚先感到灼熱，因而可以及時避讓。然而受微波輻射時，由于其穿透性，體內組織也會同時發熱，而人體內神經又比較少，所以往往在還未感到灼熱時，那些耐熱性低的器官已經受到損傷。如血管、眼睛和睪丸易受微波侵害，雷達工作人員常見的病是白內障和男性不育。對微波的使用既要注意安全，但也不需要像對待放射性那樣過分緊張。
（三）微波殺菌破袋
微波殺菌操作過程中，除了注意不能采用金屬容器和鍍鋁或鋁復合袋，還存在殺菌過程中密封好的袋子破袋問題，不好解決，亦不好采用殺菌后再封口的做法。目前采用微波殺菌可以在包裝前進行，也可以在包裝好以后進行。包裝好的食品在進行微波加熱殺菌時，由于袋內壓力過高會脹破包裝袋，因此整個微波加熱殺菌過程應在壓力下進行，或將包裝置于加壓的玻璃容器中進行處理。
（四）變色問題
在對榨菜等產品微波殺菌時還發現榨菜產品變色問題。
