常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，達到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。

2、低溫殺菌保持營養成分和傳統風味

微波殺菌是通過特殊熱和非熱的效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46%-50%，而微波處理是60%-90%；常規加熱豬肝維生素A保持率為58%，而微波加熱為84%。

3、節約能源

常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用，因而沒有額外的熱能耗損。相比而言，一般可節電30%-50%。

4、均勻

常規熱力殺菌是從物料表面開始，然而通過熱傳導至內部，存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間。

往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波肯有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部同時受到作用，所以消毒殺菌均勻。

5、便于控制

微波干操殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率可調，傳輸速度從零開始連續可調，便于操作。

6、設備簡單，工藝

與常規方法相比，微波設備不需要鍋爐、復雜的管道系統，煤場和運輸車輛，只要具備水，電基本條件即可。

7、改善勞動條件，節省占地面積

設備的工作環境低、噪音小，極大地改善了勞動條件，整套微波設備的操作只需2-3人。